運用上の問題

表面的には成果主義を標榜しておきながら、実態は年功序列型であるような場合などが、これに該当する。
例えば日本は労働組合が強く[要出典]、なおかつその構成員が40代以上の社員が多くを占めてる[要出典]。そのため、労働組合との兼ね合いで40代以上（おおよそバブル世代より上の世代）の給料は下げにくい傾向にある。成果主義を行う場合、多くは対象が氷河期世代以降に偏っており[要出典]、結果的に若年者の給料やポストの昇進を妨げている一方で、年長者は給料やポストを維持している。これが80年代までの年功序列型であれば、若年者も将来は高給を得られる保証があるため見通しが立てやすかったが、成果主義のために数十年後に高給を得られるか、そもそも企業で生き残れるか保証がないため、少子化を促進させる原因にもなっている[要出典]。
また、「出る杭は打たれる」的な要素、即ち、横並びを善とする文化や概念も、成果主義を採用しているにも関わらず成果の出し方が難しいという矛盾した状態を生み出すことがある。
また、人件費削減の方策として、「年功序列の撤廃」により、30代前半の社員をほとんど全員「部下のほとんど居ない管理職」に昇進させることで、労働組合が介入できない状態（残業手当が付かない裁量労働制・労組が賃金交渉に参加できない月俸制）に置いた後、「成果主義」により査定を大幅に落とし、平社員より低い給料とする会社も存在する。
このような場合、会社は「管理職への昇進は本人の同意を示す同意書が必要である」と主張することが多いが、実際は、収入が下がると解っていても、管理職昇進を拒むと同期社員の支配下に置かれるため、実質的には同意書を提出せざるを得ない状況であることが大半である。